Bioinformágica


Si entendes el chiste ya aprobaste.

Bienvenidos a bioinformática. Atras quedo el lamentarse por tener que hacer un BLAST y que se corte internet. Olvidense de las clases de BI de otras materias o de como armar un primer, la posta está acá.

¿Como es la materia?
  • La evaluación incluye un examen parcial y un trabajo práctico, ambos al final de la materia. El práctico se divide en una mitad obligatoria necesaria para aprobarlo con 5 y una mitad extra para llegar al 10.
  • Es fácil de aprobar pero dificil de promocionar (tranqui, la gran mayoria promociona pero completar bien el TP puede llevar un fin de semana sin dormir). El parcial no es dificil pero si bastante largo.
  • Tener algun conocimiento previo de programación ayuda pero no es esencial. En la materia van a programar en R y en la consola de comandos de Linux (a.k.a. bash).
  • Al principio de la materia los profes hacen una encuesta para evaluar cuanto saben y armar grupos de 2 (uno que sabe, uno que no) obligatorios para las clases practicas pero no para el TP. Si no sabes nada de nada, esto ayuda.
  • La mayoria de las clases teoricas las da Fernan Aguero, pero tambien van a tener a Lucia Chemes (sus preguntas en el parcial son jodidas) y a Morten Nielsen (sus clases son en inglés).
Un par de consejos
  • La linea de comandos es intimidante al principio pero aprendan a usarla y sus vidas van a ser mucho mas felices.
  • Tambien pueden usar servicios web para muchas de las actividades (vease la lista abajo). Tengan en cuenta que les gusta fallar el dia anterior a la entrega del TP.
 Búsqueda de ORFs https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
 Búsqueda de secuencias homólogas https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
 Alineamientos múltiples https://www.genome.jp/tools-bin/clustalw
 Creación de árbol filogenéticohttp://iqtree.cibiv.univie.ac.at/
 Creación de HMM https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmsearch


Si tienen problemas con algun programa o comando y no hay un profesor a mano pueden usar:
  • Google (DuckDuckGo si son pillos)
  • man comando, comando -h, o comando --help en Linux para ver las instrucciones del comando con el que tengan problemas.
  • Siempre pueden preguntarle a un compa de clase o a sus amigos de Frubox!
Proximamente: un hermoso compilado de pdfs que encontre tirados

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